การลื่นไหลที่ราบรื่นและง่ายดายของปากกาเจลได้ดึงดูดนักเขียนทั่วโลก มอบประสบการณ์การเขียนที่น่าพึงพอใจซึ่งให้ความรู้สึกเกือบจะไร้แรงเสียดทาน อย่างไรก็ตาม ภายใต้ความสมบูรณ์แบบที่เห็นได้ชัดนี้ มีข้อจำกัดในทางปฏิบัติหลายประการที่ผู้ใช้ควรพิจารณาเมื่อเลือกเครื่องมือเขียนของตน
องค์ประกอบทางเคมีของหมึกเจลนำไปสู่ระยะเวลาการแห้งที่ช้ากว่าอย่างมากเมื่อเทียบกับปากกาลูกลื่นแบบดั้งเดิม ลักษณะนี้สร้างความเสี่ยงในการเลอะเลือนอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อจัดการเอกสารทันทีหลังการเขียน หรือเมื่อหน้ากระดาษเสียดสีกัน ปัญหานี้กลายเป็นเรื่องที่ยุ่งยากเป็นพิเศษในสภาพแวดล้อมที่รวดเร็วซึ่งต้องใช้บันทึกย่ออย่างรวดเร็วหรือการจัดการเอกสารบ่อยครั้ง
ปากกาเจลแสดงให้เห็นอัตราการใช้หมึกที่สูงกว่าอย่างเห็นได้ชัดเนื่องจากสูตรหมึกที่มีความหนืดสูง ความสม่ำเสมอที่หนากว่าต้องมีการสะสมหมึกต่อจังหวะมากขึ้น ส่งผลให้ต้องเปลี่ยนไส้บ่อยขึ้น สำหรับผู้ใช้หนักๆ เช่น นักเรียนที่จดบันทึกจำนวนมากหรือผู้เชี่ยวชาญที่ร่างเอกสารยาวๆ สิ่งนี้แปลเป็นการเพิ่มต้นทุนการดำเนินงานเมื่อเวลาผ่านไป
ปากกาเหล่านี้มีความไวเป็นพิเศษต่อคุณภาพพื้นผิวการเขียน บนกระดาษที่ไม่เรียบ—รวมถึงวัสดุรีไซเคิลหรือเครื่องเขียนที่มีพื้นผิว—ปากกาเจลมักจะประสบปัญหาการไหลของหมึกที่ไม่สม่ำเสมอและการข้าม การเปลี่ยนแปลงประสิทธิภาพนี้อาจส่งผลกระทบต่อทั้งประสิทธิภาพการเขียนและผลลัพธ์ด้านสุนทรียภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อทำงานกับกระดาษเกรดต่ำ
ปัญหาการควบคุมคุณภาพเหล่านี้เน้นย้ำถึงความสำคัญของการเลือกแบรนด์ที่มีชื่อเสียงเมื่อเลือกใช้เครื่องมือเขียนที่ใช้เจล
ในขณะที่ปากกาเจลมอบความรู้สึกในการเขียนที่น่าพึงพอใจอย่างปฏิเสธไม่ได้ ข้อจำกัดในทางปฏิบัติในการต้านทานการเลอะเลือน เศรษฐกิจของหมึก ความเข้ากันได้ของพื้นผิว และความสม่ำเสมอของคุณภาพสมควรได้รับการพิจารณาอย่างรอบคอบ เครื่องมือการเขียนที่ดีที่สุดขึ้นอยู่กับรูปแบบการใช้งานของแต่ละบุคคล ปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม และลำดับความสำคัญส่วนบุคคล—ไม่ว่าจะให้ความสำคัญกับความราบรื่น ความน่าเชื่อถือ หรือประสิทธิภาพด้านต้นทุน